为了笼络耿炳文，朱元璋还下旨将朱标的女儿、朱允炆的妹妹江都郡主嫁给耿炳文的长子耿璿。通过联姻的方式，将功臣宿将的利益与皇室绑在一起，从而驱使他们为国效力，是朱元璋一贯的手段。
然而，朱元璋病逝后，朱允炆却在黄子澄、齐泰的鼓动下大肆削藩。短短两个月内，他就废掉了周王、齐王，还逼死了湘王朱柏。远在北平的燕王朱棣日夜惴惴不安，终于在姚广孝的劝说下，起兵靖难。
朱棣的谋逆之举早在朱允炆的意料之中，而他也准备好了13万兵马，交付耿炳文。朱允炆家底虽厚，却极其不善用人，耿炳文“守强攻弱”，让他带兵北伐朱棣，无异于飞蛾扑火。
耿炳文刚刚抵达真定后，先锋营的9千兵马就遭到了朱棣的突袭，损失惨重。而在朱允炆的不断催促下，耿炳文又不得不继续进攻，在全军渡河之际，朱棣突然杀出，又击杀了耿炳文麾下两万余人。
耿炳文与朱棣两次接触，就损失了三万兵马，副将潘忠、杨松也被俘虏，张保更是投奔了朱棣。在诸将纷纷劝说他放弃真定，奇袭顺天时，耿炳文终于意识到了自己的长处并非进攻。他果断放弃围剿朱棣的想法，改而防守真定。
当时，朱棣正欲击溃耿炳文，借此壮大声威。可在发现耿炳文改变战术，趋向防守后，朱棣连续进攻多日都没有成效，就撤兵回城了。以朱允炆所占有的国土之大、物资之丰富，完全可以凭借耿炳文将朱棣耗死在顺天。然而，朱允炆过于急功近利，在耿炳文坚守真定时，他竟以李景隆取代耿炳文，召耿炳文回朝休养。结果李景隆兵败郑村坝、白沟河，损失兵马数十万。朱棣也在不断获胜之机，入主应天，取代朱允炆登基称帝。
朱棣称帝后，对建文旧臣展开了一波大清洗。方孝孺、景清、齐泰等40多位大臣被杀，牵连者多达万人。可朱允炆的姻亲、大战朱棣的耿炳文却并未受到牵连。对于极度怨恨建文旧臣，心胸狭隘的朱棣来说，这是不可想象的。
1403年，朱棣的魔爪还是伸向了赋闲在家的耿炳文。刑部尚书郑赐、都御史陈瑛诬告耿炳文僭越使用龙凤图饰，图谋篡位。大为震怒的朱棣将耿炳文痛骂一顿后，就下旨拘捕他全年老小。惶恐不安的耿炳文望着南方，叩首长拜后，含泪自杀。他的妻子、子孙也遭到了朱棣的屠戮。
然而，道光年间，在云南却出土了一块墓碑。墓碑的主人名叫耿琦，他是明初大将耿炳文的幼子。而立这块碑文的却是第一代黔国公、沐英的次子沐晟。当时，沐英曾迎娶耿炳文的妹妹为妻，因此沐晟与耿琦是表兄弟的关系。
根据墓志铭描述，在朱棣入主应天前，长兴侯耿炳文就已战死在真定。而在朱棣赶走朱允炆后，耿炳文的长子、驸马耿璿以及他的次子耿瓛皆被朱棣处死，耿炳文的妻子陈氏也在当年的6月23日身亡。因此，史籍中所记载的耿炳文死于自杀，且在他死后，他的全家老小一同被杀的谣言，也就不攻自破了。
无论耿炳文是自杀还是战死，他的悲剧都是朱棣、朱允炆叔侄二人造成的。朱棣的残忍好杀、朱允炆的昏庸无能，让为朱家打了48年天下的耿氏一门，灰飞烟灭了。而耿炳文的死，在朱棣眼中，也是死有余辜了。
算起来，这也是朱元璋大杀功臣的唯一漏网之鱼了，汉高祖刘邦平定天下后，论功行赏，首推萧何为“西汉王朝第一功臣”，诸多武将因萧何毫无战功而不服，就在这种情形下，着名的“功人功狗论”横空出世。
《史记·萧相国世家》记载，当时刘邦回怼武将说：“夫猎，追杀兽兔者狗也，而发踪指示兽处者人也。今诸君徒能得走兽耳，功狗也。至如萧何，发踪指示，功人也。”
刘邦把发号施令的萧何比作猎人，而把冲锋陷阵的武将们比作猎狗，在抬高萧何的同时，实则也贬损了武将的价值。被比喻成一条狗，想必武将们是非常不悦的，只是碍于说出此话的是皇帝本人，不好发作而已。但是，一千多年后却有一个人，他为了活下去，竟然主动自比作狗，此人便是大明王朝的开国功臣耿炳文。
那么，作为朱元璋晚年最器重的元勋，耿炳文到底为什么要自贬身价，自比作狗呢？
明太祖朱元璋是个争议性很大的历史人物，后世对他最大的诟病之处便是过河拆桥，残杀功臣。诚然，朱元璋在位31年，期间杀戮无数，仅在“洪武四大案”（空印案、胡惟庸案、郭桓案、蓝玉案）中，所杀之人就超过了10万。到朱元璋驾崩时，曾经位列公侯的开国功臣们，只剩下了郭英和耿炳文两人。
郭英之所以能高寿善终，主要得益于他有一位好妹妹（一说是姐姐）郭宁妃。郭宁妃是朱元璋的第一宠妃，马皇后去世后，朱元璋不再立新皇后，而代行皇后之责统摄六宫的正是郭宁妃。洪武晚期，郭宁妃实际上已经是后宫之主。正是在同胞姐妹郭宁妃的庇护下，郭英才得以保全了自己。
但是，另一位“幸存者”耿炳文的情况却截然不同。
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