虽然总督府的占地面积小，但是城墙却建造的比外面的城墙还要结实，再加上总督府中的兵力充足，可以把城墙全都防守住，这使得大明的军队在攻打总督府时，却是屡屡受挫，哪怕是把战舰上的火炮调集过来，可还是没能占到便宜。
神周也没想到果阿城都破了，竟然会在城里面还藏着一座小堡垒，而且还修建的如此坚固，除非他不顾伤亡的让士兵用人命去填，否则根本不可能短时间打下来。
既然打不下来，那就干脆不去攻打，神周手下的士兵可都是这些年好不容易才积累下来的精锐，每死一个都是他的损失，所以他绝对不会让士卒们去拿命填的，而且果阿这座城市已经被视为大明在印度的飞地，而且后方派来的驻军也已经在路上，虽然果阿城里有城主府这个钉子让人感觉不舒服，甚至可能还会在关键时刻出来咬人，但只要严密防守，就应该不会有问题，大不了僵持着几个月，等到里面的粮食吃完，对方自然会出来投降。
不过神周虽然没有再攻打总督府，但他对总督府这根钉子也并没有完全放下心来，最开始的时候，他把总督府附近的建筑全都给拆了，然后用这些拆下业的砖石围着总督府建造了一座围墙，用这道墙把总督府完全的隔离起来，这样就算是总督府里的人想要冲出来，却也不是那么容易的事。
总督府里的人暂时不用理会，不过神周接下来却开始对城中的葡萄牙人展开了残酷的行动，整个果阿的葡萄牙人达到将近两万，光靠一个小小的总督府，根本装不下这么多人，所以大部分的葡萄牙人都只能呆在城中的家里，有胆子的拿起火枪准备保护家人，没胆子就只能抱着家人缩在床上发抖。
本来在神周的计划中，只要打下果阿后，他会清理葡萄牙人在当地的势力，但最主要的也只限于那些葡萄牙军队，对于普通的葡萄牙居住，他并没想拿他们怎么样，顶多是从他们那里搜刮一些钱财，不会像葡萄牙对土人那样实施残酷的屠杀政策，毕竟葡萄牙人还有不少的工匠和学者，这对大明或许还有用。
但是现在局势有变，果阿虽然打下来了，但里面的总督府却依然掌握在葡萄牙手中，除了达伽马这些官员还，总督府的士兵也达到了将近两千人，有这样一支军队在，再加上果阿城中又都是葡萄牙人，万一总督府里的军队发动城中的葡萄牙人一起作乱，那最后说不定会让大明的军队吃大亏，甚至被一股作气赶到海上也说不定。
也正是考虑到上面这些，所以神周很快就做出决定，那就是把果阿城中的葡萄牙人都迁出去，绝对不能让他们留在城中。至于把葡萄牙人迁到哪里，这个也不是问题，反正果阿城外有不少种植园，暂时把葡萄牙人安排几个种植园里干活，然后再雇佣一些土人做监工，短时间内应该不会出什么问题，至于日后该如何处置那些葡萄牙人，这个就不需要他浪费脑子了，反正后面会有总督王守仁派来的官员接管果阿，到时就交给那些文官们头痛吧。
神周是个武将，想到什么就会立刻去做，所以在占领果阿城的第二天，城中的葡萄牙人就被大明的军队从家里赶了出来，虽然期间有不少人试图反抗，可惜根本不是大明这些职业军队的对手，最后花费了几天时间，整个果阿城里的葡萄牙人终于被迁移了出去。
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