由理继续深入，很快便找到“第二电脑室”，找到幕后黑手。
这个幕后黑手居然就是之前被吞噬的高松，不过他明显不是真正的高松，而是由很久以前的一个程序员编写的程序控制的人。
根据这个人的说法：
“在这个世界里，爱开始萌芽了，这是不允许存在于这个世界的。”
“爱一旦萌芽，这里就会变成永恒的乐园，但这个世界不能变成那样，因为这里是应该毕业出去的地方。”
“只不过偶尔也会有为了别人而活着，度过了一个释然的人生的人，因为丧失了记忆而误入这里，在那时就会发生这种bug。”
那个人，就是开发了angel
player的程序员，也就是意识到死后世界的bug并进行了修正，使用影子来让人NPC化的人，真正的幕后黑手。
“他一直在等待，等待着那个懂得了爱后就一个人离开这个世界的她，但由于等待她的时间太过漫长，他逐渐失去理智，于是就开发出将自己NPC化的程序。”由程序控制的“高松”是这么说的。
明白一切之后，由理并没有用自己的意志来改变死后的世界，而是开枪射击，将整个电脑室彻底破坏。
一通发泄之后，她的心结也跟着解开，不过她并没有立刻消失，而是晕过去，然后在保健室的病床上醒过来，男主、立华奏、日向和直井文人都在她身边守着。
黑影的问题已经被解决，根本没有什么致郁的地方，至少看完第十二话的观众几乎都是这么认为的，因此，那些固执地认为《angel
beats》一定是致郁动画的人，也只能暗暗告诉自己最后的第十三话一定会很致郁。
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