因为每一个生化人的出售都会记录在案，所以此命令一下，韦恩博士立刻意识到不妙。政府下派的工作人员很快到了他的实验室，要他交出爱丽尔。虽然韦恩博士已经说明爱丽尔正进行一项封闭实验，不方便出来，但这一场战斗的严苛性，令原本会给韦恩博士几分薄面的工作人员也强硬地回答不行。
爱丽尔早已经去了古代，离回来的日子还早得很，就算韦恩博士想交人也交不出来啊。这一来一去间，来带人的工作人员终于意识到一丝不对，立刻向上级汇报。联盟里已经有很多人类偏向于生化人，暗地里帮助生化人，说不定韦恩博士也是其中之一。抱着这样的猜想，政府很快派人强行闯入韦恩博士的实验室，却只收获了一具被砸毁的破铜烂铁。
早察觉到不妙的韦恩博士早就已经通过时光机仅剩下的通话功能，了解到了爱丽尔的失忆状况，完成了她的愿望，让她在那个古老的时代自由生存。或许这样说有些古怪，但韦恩博士早已经将爱丽尔当成了自己的女儿一样，在他看来，与其回到这个时代被送上战场，不如在一个陌生的时代自由飞翔。这也算是爱丽尔为他服务了这么多年的一种回报吧。
找不到爱丽尔的政府认为韦恩博士也是生化人的帮凶之一，已经将爱丽尔送至了叛军处。他们将韦恩博士关了起来，连同一大批协助叛军的人类。
这一场战争十分浩大，历时三年。双方各有优势，你来我往，打得难分难舍。不管是人类一方，还是生化人一方，所有人都疲惫不堪。最后，双方达成了停战协议，人类和生化人划地分居，和平共处。
因为战争而被搁置的审判在签订和平协议后也不再进行，因此韦恩博士和其他人在被关了整整三年后，终于得以重见天日。出狱后，韦恩博士依然醉心于他的考古，也找了人类助手。只不过，换了好几个助手，却始终没有找到爱丽尔那样能干的。普通人类，又怎么能跟强化过的生化人相提并论呢？
每当实验的间隙，韦恩博士不经意间的一抬头，似乎都能看到曾经那个安静的身影。这个时候，他总是先怅然地呆上片刻，随即很快就回到他的工作中去。
他知道，他的爱丽尔，一定在古代过得很幸福。虽然定律失效，但他知道，爱丽尔一定会完成这个他最后下的命令的。
【爱丽尔，你要在那个时代过得幸福。】
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